细胞死亡的路子比川剧变脸还多,怎么才能精准识别这些“伪装的死亡现场”,来套系统化的“验尸报告”呢?小E这就从形态学特征、细胞内代谢特征及免疫特征这几个“破案关键点”入手,给细胞凋亡、焦亡、泛凋亡和铁死亡来“身份大揭秘”,顺便安排上全套的“破案工具箱”(实验攻略),让科研er们查案的时候能少走弯路。
一、细胞凋亡、焦亡、泛凋亡、铁死亡对比
分类
形态学特征
生化代谢特征
调节路径
炎症反应
凋亡
细胞和核体积减少,染色质凝集,核碎裂,凋亡小体形成,细胞骨架解体
细胞色素C释放Caspase;细胞内钙离子升高;线粒体膜电位降低
内源性通路: Cyto C-AIF-Cas9-Cas3;
不引起周围组织炎症反应
外源性通路:Cas8-Cas3;
CD8+T(穿孔素、颗粒酶)途径。
焦亡
细胞膨大变形,细胞器变形,焦亡小体形成,细胞吹气球样出泡,细胞膜孔隙破裂
GSDMD切割并激活,释放促炎细胞因子的释放
依赖Caspase1的经典通路;
会引发炎症
依赖4/5/11的非经典通路。
泛凋亡
染色质固缩、DNA 片段化、细胞膜起泡破裂、细胞皱缩、凋亡小体的形成(具有凋亡、焦亡和坏死性凋亡的综合特征)
通过激活泛凋亡小体复合物驱动泛凋亡
ZBP1-PANoptosome;AIM2-PANoptosome;RIPK1-PANoptosome;NLRP12-PANoptosome
会引发炎症
铁死亡
线粒体体积缩小,双层膜密度增加,线粒体嵴减少或消失,线粒体外膜破裂
亚铁和脂质过氧化积累,Cystine摄入降低
铁代谢途径;
会引发炎症
GPX4调节途径;
脂质代谢途径。
二、细胞凋亡检测实验攻略
细胞凋亡是一种“自愿献身”的程序性细胞死亡。如果把细胞比作办公楼,凋亡就是清洁工有序拆除废弃房间的过程。细胞经过缩水变形和打包行李(凋亡小体),最后安静离场(膜完整不引发炎症)。其中的信号通路就像拆除指令,通过外源性通路(Cas8-Cas3)或内源性通路(Cyto C-AIF-Cas9-Cas3)或CD8+T(穿孔素、颗粒酶)途径,最终由Caspase-3执行拆除令。检测凋亡细胞这类“退休细胞”,推荐从形态学、细胞膜表面指标、细胞内酶活/线粒体和细胞内蛋白表达丰度变化、DNA片段化等方面开展。检测方法如下表所示:
检测内容
检测方法
适用样本类型
形态学检测
光学显微镜和电子显微镜(HE染色、线粒体探针染色、台盼蓝染色等):观察凋亡小体和线粒体变化
活细胞样本;低温冻存电镜样本
细胞膜表面指标检测
Annexin V检测细胞膜PS外翻:凋亡细胞的细胞膜上的PS外翻
活细胞样本
细胞质内酶活变化检测
Caspase酶活检测:Caspase3/7、6、8、9、10等活性酶吸光法检测或荧光法检测
活细胞样本或者低温冻存样本
细胞质内线粒体变化检测
JC-1检测:检测线粒体膜电位变化,凋亡细胞膜电位降低
活细胞样本
细胞内代谢途径检测
谷氨酰胺代谢检测(Caspase8的途径):解析谷氨酰胺代谢机制
活细胞样本或者低温冻存样本
细胞质内信号通路蛋白表达变化检测
WB/IHC检测:PARP/Caspase3/9剪切体和前体、BAX、Bcl2、Fas/FasL、TNF/TNFR等信号通路蛋白。
低温冻存样本或或细胞样本
细胞核内DNA变化检测
TUNEL检测:凋亡晚期,DNA片段化,TUNEL流式检测断裂的DNA,检测方法有流式荧光法(可以和抗体等指标进行共染分群分析)和原位检测法(可以和抗体共染进行共定位分析)
固定的细胞悬液样本或组织切片或细胞爬片
核酸电泳法:DNA断裂片段检测
注:TUNEL和Caspase酶活检测为细胞凋亡检测的金标准,也是组织样本凋亡检测最常用的检测方法,可以根据具体的实验情况进行选择。
三、细胞焦亡检测实验攻略
细胞焦亡是由炎性小体激活引起的,又称炎症程序性细胞死亡,形态学表现为细胞肿胀、膜穿孔(GSDMD蛋白打孔)、释放炎症因子(IL-1β/IL-18)引发强烈的炎症反应。细胞焦亡与细胞凋亡有很大不同,检测和实验方法上也有区别。主要从以下方面来进行检测:
检测内容
检测方法
适用样本类型
形态学检测
光学显微镜和电子显微镜:观察细胞状态,焦亡特有的吹气球样气泡突出
活细胞样本;低温冻存电镜样本
细胞质内酶活变化检测
Caspase酶活检测:Caspase 1、4、5、11 等活性酶吸光法检测或荧光法检测
活细胞或低温冻存细胞或组织
细胞质内信号通路蛋白表达变化检测
WB/IHC检测:Caspase 1、4、5、11前体和剪切体、GSDMD、GSDME、AIM2/Pyrin/NLRP3等信号通路蛋白表达;
活细胞或低温冻存细胞或组织
ELISA检测炎症因子:IL-1β、IL-18等
细胞上清或低温冻存的组织及细胞。
细胞代谢物检测
CCK8/MTT及LDH检测:检测细胞活力和乳酸脱氢酶的释放,解析细胞内代谢途径
活细胞或低温冻存细胞或组织
细胞内mRNA变化
RT-qPCR检测mRNA表达 :常测指标包括Gsdmb、Gsdmc、Gsdmd、Gsdme、Caspase1/4/5/11等
活细胞或低温冻存细胞或组织
四、铁死亡检测实验攻略
细胞铁死亡类似于一种重金属超标引发的罢工,这类死亡像生锈的机器,核心是铁离子堆积+脂质过氧化,导致细胞内抗氧化系统崩溃:GPX4酶罢工(无法清除脂质过氧化物),FSP1蛋白救援失败(辅酶Q10再生受阻),线粒体萎缩(嵴消失)和细胞膜破裂(像被铁钉扎破的气球)以及释放前炎症介质。铁死亡的检测通常从细胞形态检测、相关基因检测、相关蛋白检测、代谢检测这4个方面开展,包含了各个调控途径的关键基因及铁死亡的特征指标:
检测内容
检测方法
适用样本类型
形态学检测
透射电子显微镜:观察线粒体的变化;
低温冻存电镜样本或活细胞样本
荧光显微镜或流式:线粒体探针染色和JC-1探针检测,观察分析线粒体状态和膜电位变化
相关基因检测
RT-PCR检测铁死亡相关基因变化:GSH稳态调节基因、CHAC1的上调,NFE2L2基因的激活等
活细胞或低温冻存细胞或组织
相关蛋白检测
WB/IHC检测:铁死亡相关蛋白检测,其中CHAC1、COX2、ACSL4、PTGS2、NOX1在铁死亡细胞中表达上调,GPX4,FTH1在铁死亡细胞中表达下调
活细胞或低温冻存细胞或组织;
细胞上清或低温冻存的组织及细胞。
细胞代谢物检测
细胞活性检测:MTT/CCK8检测细胞活力;
活细胞或低温冻存细胞或组织
铁/亚铁离子的细胞内变化检测:亚铁离子探针检测细胞内铁积累;
ROS检测:ROS探针DECFH-DA检测细胞内活性氧的水平;
脂质过氧化物检测:生化法或者荧光探针法检测LPO和MDA,定量分析细胞内过氧化物的积聚;
谷胱甘肽代谢检测:比色法或者HPLC技术检测GSH、总谷胱甘肽(T-GSH)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)、谷胱甘肽还原酶(GR)、谷氨酸(GLU)和半胱氨酸(Cys)的浓度和变化。
五、泛凋亡检测实验攻略
细胞泛凋亡是2019年新发现的死亡联盟,同时激活焦亡、凋亡、坏死三条通路,形态学上既有凋亡小体(打包行李),又有细胞焦亡的孔洞(自爆前兆),还伴随着坏死性肿胀。当遇到各种微生物感染和细胞稳态改变等诱因时,包括ZBP1、AIM2、RIPK1和NLRP12在内的传感器会相互作用并招募其他几种分子形成PANoptosome(泛凋亡小体)。作为细胞死亡联盟模式的泛凋亡,其检测需要结合凋亡、焦亡、坏死性凋亡的检测方法,主要包含以下内容:
检测内容
检测方法
适用样本类型
形态学检测
光学显微镜和电子显微镜(HE染色、线粒体探针染色、细胞核染色液、台盼蓝染色等):观察凋亡小体和线粒体和细胞核型变化。
活细胞样本;低温冻存电镜样本
细胞膜表面指标检测
Annexin V检测细胞膜PS外翻,凋亡细胞的细胞膜上的PS外翻。
活细胞样本
细胞质内酶活变化检测
Caspase酶活检测:Caspase1、3/7、6、8、9 等活性酶吸光法检测或荧光法检测
活细胞样本或者低温冻存样本
细胞质内线粒体变化检测
JC-1检测:检测线粒体膜电位变化;
活细胞样本
细胞内代谢途径检测
谷氨酰胺代谢检测(Caspase8的途径):解析谷氨酰胺代谢机制;
活细胞样本或者低温冻存样本
ROS检测、LDH检测:检测细胞内代谢产物变化;
细胞活力检测:MTT/CCK-8法、EdU染色检测细胞活力和增殖状态。
细胞质内信号通路蛋白表达变化检测
WB/IHC检测不同泛凋亡小体相关蛋白:
低温冻存样本或或细胞样本
ZBP1-PANoptosome:主要包含ZBP1、NLRP3、ASC、Caspase-1、Caspase-6、Caspase-8、RIPK1和RIPK3;
AIM2-PANoptosome:主要包含AIM2、Pyrin、ZBP1、ASC、Caspase-1、Caspase-8、FADD、RIPK1和RIPK3;
RIPK1-PANoptosome:主要包含RIPK1、RIPK3、NLRP3、ASC、Caspase-1和Caspase-8;
NLRP12-PANoptosome:主要包含NLRP12、ASC、Caspase-8和RIPK3。
ELISA检测炎症因子的释放:TNF-α、IL-1β、IL-18等。
细胞核内DNA变化检测
TUNEL检测:凋亡晚期,DNA片段化,TUNEL流式检测断裂的DNA。检测方法有流式荧光法(可以和抗体等指标进行共染分群分析)和原位检测法(可以和抗体共染进行共定位分析)
固定的细胞悬液样本或组织切片或细胞爬片
核酸电泳法:DNA断裂片段检测。
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应用
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